Algoritmos em Biologia Computacional

"... In the field of biology, I think we can confidently predict that it's going to have rich problems to solve for at least 500 years. I can't make that claim for computer science."
Donald Knuth - Notices of AMS Volume 49, Number 3, 2001.

Bibliografia

Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Dan Gusfield.

Livro texto do curso - considerado, por muitos, o melhor livro sobre processamento de strings. De uma forma geral o livro é denso, e voltado para o lado matemático. Eu considero o livro excelente.

Introduction to Computational Molecular Biology, Setubal, Meidanis.

Este livro apresenta uma visão ampla da área de biologia molecular computacional, contudo ele não é tão rigoroso quanto o livro do Gusfield. Uma observação: os autores são brasileiros.

Introduction to Computational Molecular Biology - An algorithmic Approach, Pavel Pevzner.

Este livro visa apresentar uma visão matemática e algorítmica da área de biologia computacional. Infelizmente, na minha opinião, o autor foi incapaz de criar um livro legível.

Genomes, Terence Brown.

Este livro é uma ótima fonte para quem deseja aprender a respeito de genômica de uma forma clara e didática. Note que o livro está totalmente disponível no endereço http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=genomes.TOC&depth=2

Notas de Aula

Conceitos Introdutórios de Biologia Molecular

Notas de aula de Ron Shamir (em inglês)
Molecular Biology for Computer Scientists - Hunter (em inglês)
Biologia Molecular - Katsumi (em português)

An animated primer on the basics of DNA, genes, and heredity., 2002 Merlot Classics.

Dolan DNA Learning Center Multimedia Guides to Molecular Biology
DNA seen through the eyes of a coder

Casamento Inexato, Alinhamento de sequências e Programação Dinâmica

Notas de aula do nosso curso (obrigado ao André pela edição)

Distância de Edição com peso nas operações e Casamento Aproximado de Padrões

Notas de aula do nosso curso (obrigado ao Idílio pela edição)

Alinhamento Local

Notas de aula do nosso curso (obrigado a Suelen pela edição)

Alinhamento Múltiplo

Notas de aula do nosso curso (obrigado a Leticia pela edição)

Computando Alinhamento Múltiplo

Notas de aula do nosso curso (obrigado ao Luiz Celso pela edição)

Algoritmo de Aproximação para o problema do Alinhamento Múltiplo

Notas de aula do nosso curso (obrigado ao Daniel pela edição)

Filogenética I

Notas de aula do nosso curso (obrigado ao Rafael pela edição)
Um link interessante, com algumas informações úteis sobre a construção de árvores evolutivas

Filogenética II

Notas de aula do nosso curso (obrigado ao Rafael pela edição)

Você deverá enviar um e-mail para o Professor (berilhes@inf.ufes.br)
Arquivo de amostra:	lecture.tex: Você deverá incluir este arquivo em seu documento. Este define alguns ambientes simples (por exemplo: clamor, teorema, prova, etc). Este arquivo também permite que você crie o seu próprio rótulo utilizando o comando \lecture. O comando \lecture requer 4 argumentos : {número da aula}{título da aula}{data}{nome do escriba}. lecture02.tex: comece suas notas de aula a partir deste modelo. Este possui alguns exemplos de novos ambientes que nós definimos.
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Recursos Latex:	Uma introdução ao Latex Símbolos matemáticos no Latex

Indicações para os Escribas